Annéede début: 1868
Créée par décret impérial du 31 juillet 1868 à l'initiative de Victor Duruy, alors ministre de l'Instruction publique de l’empereur Napoléon III. Elle avait pour mission non seulement d’introduire la recherche dans le monde universitaire, mais, plus encore, de promouvoir la formation par la recherche, et donc de privilégier un apprentissage pratique, orienté vers la production des connaissances et dispensé dans les séminaires et les laboratoires, à l’image de ce qui se faisait au même moment en Allemagne. Aucune condition de grade, d'âge ni même de nationalité ne fut imposée aux élèves. On exigea seulement d'eux un stage, pour s'assurer qu'ils avaient la capacité et la vocation nécessaires pour tirer profit des enseignements dispensés dans les sections. A l’origine, l'École était en effet divisée en quatre sections : Mathématiques, Physique et chimie, sciences naturelles et physiologie, sciences historiques et philologiques. Suivit une section des Sciences économiques (1869), qui n’eut toutefois jamais d’existence concrète, puis en 1886 une section des Sciences religieuses. La sixième section, dite des Sciences économiques et sociales, fut instituée après le deuxième conflit mondial.Trois sections subsistent aujourd’hui : Sciences de la Vie et de la Terre, Sciences historiques et philologiques, Sciences religieuses. La sixième section a, pour sa part, donné naissance en 1975, à l’École des hautes études en sciences sociales (EHESS). Depuis l’origine, les enseignants de la première section ont pris le nom de directeur de laboratoire, ceux des deuxième et troisième sections portent le titre de directeurs d’études.